1、猝倒病：主要发生在石斛兰组培苗移栽苗床后，由于地表温度过高，湿度大，易诱发猝倒病，严重时组培苗成批枯萎死亡。防治方法：加强通风，降低温度和湿度，拔除受害苗株立即烧毁，再用50％多菌灵可湿性粉剂500倍液处理栽培基质。
2、黑斑病：是危害石斛兰的主要病害。发病初期叶片上出现紫褐色小斑点，以后扩大成近圆形黑褐色病斑，其边缘呈放射状黄晕。严重时病斑相连成片，造成叶片枯黄而脱落。防治方法：兰圃要及时清理病枝落叶，减少病害侵染来源，发病初期用75％百菌清1000倍液或12％速保利1000倍液喷洒，每半月喷洒1次，连喷4～5次。
3、锈病：也是石斛兰常见的病害，尤其在梅雨季节温暖湿润时发生较多。初期叶片上出现褪绿斑点，以后发展成铁锈色的夏孢子堆，破裂后散出黄褐色粉状夏孢子，发生严重时叶片枯萎死亡。防治方法：及时清除病叶，发病初期用40％灭病威300倍液或25％三唑酮乳油1500倍液喷洒。
4、病毒病：石斛兰主要病害之一，在户外养护时容易发生，尤其在梅雨季节为病毒病的高发期。在石斛兰叶片上产生轮状褪色斑，主要受黄瓜花叶病毒（MV）侵害。防治方法：及时消灭杂草，防止虫害，消灭病源，发现病株立即拔除并销毁。在梅雨季节每月喷1次杀菌剂，发病初期用20%病毒灵400倍液喷洒，每周1次，前后喷3~4次。
5、介壳虫：是石斛兰最常见的害虫。由于长期干燥、通风差或空气湿度不够所引起，通常危害叶背、叶腋和假鳞茎基部。介壳虫刺吸汁液，使叶片变黄，枝梢枯萎，诱发煤污病，严重时造成整株死亡。防治方法：注意通风，石斛兰盆栽摆放不宜过密，发现少量介壳虫时用软牙刷擦落或用40%氧化乐果乳油1000倍液、速灭松乳剂800倍液喷洒，每半月喷1次。
6、红蜘蛛：在洋兰中发生较少，主要危害石斛兰，常在气温高干燥时发生。被害叶片汁液被吸之后，形成皱纹状的白斑，受害严重兰株呈灰色，植株衰弱，叶片下垂，影响观赏效果。防治方法：改善通风环境，因为红蜘蛛怕水，经常给叶面喷水可减轻发生。危害初期可用2%农螨丹1000倍液喷洒，注意各种杀螨剂的交替使用，以减少红蜘蛛的抗药性。
7、蚜虫：常在梅雨季节发生，主要危害石斛兰的幼嫩新芽。蚜虫聚集在嫩芽上吸取汁液，使新芽变形直至枯萎。防治方法：改善栽培环境，加强通风。大面积发生时用25%灭蚜灵乳油800倍液或50%灭蚜松乳油1000倍液喷洒。
8、蜗牛：梅雨季阴雨连绵时危害比较严重，夜间咬食新芽和幼嫩根尖，使兰株生长受阻。防治方法：蜗牛常在日落后2~3小时和阴雨天出来活动，少量时可以在夜间用手电照明捕杀。大面积生产时，用90%敌百虫原药1000倍液喷杀，也可撤石灰驱杀。
9、东风螺：又叫褐云玛瑙螺，和蜗牛一样，在夜间出来活动，咬食石斛兰的新芽和嫩根，影响兰株正常生长。防治方法：晚上用手电照明进行人工捕捉，或用玉米粉与3.3%蜗牛敌和5%砷酸钙混合后作毒饵，傍晚施于兰圃进行诱杀。